无土地使用证的自建厂房，属于违章建筑。在违章建筑拆迁补偿问题上，应当区分建筑和建筑使用的材料，建筑和建筑范围内合法的土地使用权，建筑和建筑内的财产，拆迁补偿款和拆迁补助费，拆迁补偿和拆迁赔偿等。

首先，在拆迁补偿中要注意区分违章建筑和建筑使用的材料。根据我国《城市房屋拆迁管理条例》第二十二条规定：“拆除违章建筑和超过批准期限的临时建筑，不予补偿;拆除未超过批准期限的临时建筑，应当给予适当补偿。”因此，在拆迁过程中，拆迁人对拆除违章建筑不予补偿。但是，不能据此认为，拆除违法建筑使用的材料，拆迁人也不需要补偿。事实上，某些违章建筑使用的材料从价值上来说是可以独立存在的，违章建筑人对违章建筑使用的材料享有合法的财产权。

其次，在拆迁补偿中，要注意区分违章建筑和建筑范围内的土地使用权。如果违章建筑具有合法的土地使用权，即使在拆迁时不就拆除违章建筑本身补偿违章建筑人，也必须考虑土地使用权对违章建筑人的财产利益。如果土地使用权是通过划拨方式得来的，拆迁人可以不补偿使用该土地的违章建筑人;但是如果土地使用权是通过出让方式得来，违法建筑人缴足了土地出让金，但出让年限还未到期时，拆迁人应当就拆除违章建筑给违章建筑人造成的土地使用收益的损失予以适当补偿。

再次，在拆迁补偿中，要注意区分违章建筑和建筑内的财产。违章建筑内的财产可以独立于违章建筑存在，系违章建筑人的合法财产，依法应当受到保护。拆迁人在拆除违章建筑的过程中，不得侵犯违章建筑人的违章建筑内的合法财产权益，否则应当承担法律责任。

最后，在拆迁补偿中，要注意区分拆迁补偿款、拆迁补助费和拆迁赔偿费。虽然我国《城市拆迁管理条例》明确规定拆除违章建筑不予补偿，但是这只能说明违章建筑人不能获得拆迁补偿款，拆迁人仍要依法向违章建筑人支付拆迁补助费。拆迁补助费包括搬迁补助费和临时安置补助费等其它费用。拆迁人不得因违章建筑拒绝向违章建筑人支付搬迁补助费和临时安置补助费等费拆迁补助费的请求。如果由于拆迁程序和手段违法，侵害了被拆迁人和房屋承租人的合法权益时应当依法赔偿损失，即拆迁赔偿费。